पणजी को विभिन्न भाषाओं में अलग-अलग नामों के रूप में लिखा जाता है, जैसे अंग्रेजी में पणजी, कोंकणी में पोनजी और पुर्तगाली में पोंगिम। प्रारंभ में, यह 1961 तक पुर्तगालियों के नियंत्रण में एक छोटा सा गांव था। 1843 में, पुर्तगालियों ने नोवा गोवा (नोवा मतलब नया) के एक नए नाम के रूप में पुराने गोवा से पणजी में अपनी राजधानी बदल दी।